Régime indemnitaire de la fonction publique de l'Etat : modification des conditions de maintien en cas de congé pour longue maladie (CLM) ou de congé grave maladie (CGM)

1. Contexte et Modifications Apportées

Le décret n°2024-641 du 27 juin 2024 modifie plusieurs aspects du régime de maintien des primes et indemnités pour les fonctionnaires et agents contractuels de l'État en cas de congé pour raison de santé, en modifiant notamment le décret n°2010-997 du 26 août 2010.

Ce dernier prévoyait jusqu'à présent la suspension des primes et indemnités en cas de congé de longue maladie (CLM) ou de congé de grave maladie (CGM). Désormais, ce régime indemnitaire sera partiellement maintenu pour les fonctionnaires de l'État en CLM ou CGM, selon les modalités suivantes :

• 33% du montant des primes et indemnités sera maintenu durant la première année du congé.
• 60% du montant des primes et indemnités sera maintenu durant la deuxième et la troisième année du congé.

Exception : Le congé de longue durée (CLD) ne permet toujours pas le maintien des primes et indemnités, celles-ci étant suspendues pendant toute la durée de ce congé.

2. Impact sur la Fonction Publique Territoriale

Bien que le décret de 2010 et ses modifications ne soient pas directement applicables à la fonction publique territoriale, les collectivités territoriales doivent respecter le principe de parité avec la fonction publique de l'État (FPE). Cela signifie que les régimes indemnitaires des agents territoriaux ne peuvent pas être plus favorables que ceux des agents de l'État.

Les collectivités territoriales peuvent décider de transposer ces nouvelles règles en modifiant leurs délibérations, après consultation du comité social territorial (CST). Cette démarche permet de s'assurer que les modalités de maintien des primes et indemnités pour leurs agents ne soient pas plus avantageuses que celles prévues pour les agents de l'État.

3. Jurisprudence du Conseil d'État

Le Conseil d'État a déjà statué que les collectivités territoriales ne peuvent légalement maintenir les primes et indemnités des agents placés en CLM, CLD ou CGM si ce maintien n'est pas prévu pour les agents de l'État dans des situations équivalentes. Par exemple, dans une décision du 22 novembre 2021 (n°448769), le Conseil d'État a jugé qu'une délibération prévoyant le maintien de l'Indemnité de Fonctions, de Sujétions et d'Expertise (IFSE) pour les agents territoriaux en congé de longue maladie était illégale, car les agents de l'État ne bénéficiaient pas d'un tel maintien.

4. Accord Interministériel et Conséquences

Les modifications apportées au décret de 2010 résultent de l'accord interministériel du 20 octobre 2023, qui vise à améliorer les garanties de prévoyance pour les fonctionnaires de l'État. Cet accord prévoit des mesures de protection différentes de celles applicables aux fonctionnaires territoriaux, mais impose un cadre qui influence indirectement ces derniers par le biais du principe de parité.

5. Cas des Heures Supplémentaires d’Enseignement

Le décret n°2024-641 modifie également le décret n°50-1253 du 6 octobre 1950, qui fixe les taux de rémunération des heures supplémentaires pour les enseignants du second degré. Désormais, les indemnités pour heures supplémentaires seront maintenues pendant les périodes de CLM et CGM selon les mêmes modalités (33% la première année, 60% les deux années suivantes). Cette disposition entre également en vigueur à partir du 1er septembre 2024.

6. Dispositions Spécifiques au CLM et CLD

• Rétroactivité en CLM ou CLD : L'article 2 du décret n°2010-997, tel que modifié, précise que si un agent est rétroactivement placé en CLM ou CLD après avoir été initialement en congé de maladie ouvrant droit au maintien du régime indemnitaire, il conserve le bénéfice des primes et indemnités perçues pendant ce congé initial. Cependant, ces primes et indemnités ne sont pas cumulables avec celles dues au titre du CLM durant cette même période.

• Transition de CLM à CLD : En cas de passage d'un CLM rémunéré à plein traitement à un CLD, l'agent conserve les primes et indemnités qui lui avaient été versées pendant le CLM.

7. Entrée en Vigueur

Toutes ces nouvelles dispositions sont applicables aux rémunérations versées aux fonctionnaires de l'État à compter du 1er septembre 2024. Les collectivités territoriales pourront prendre en compte ces modifications pour ajuster leurs propres régimes indemnitaires en conformité avec le principe de parité.